学会発表

• 口頭発表賞・ポスター賞
  • 2023受賞, 2022受賞, 2021受賞, 2020受賞, 2019受賞
• 口頭発表・ポスター発表
  • 2023, 2022, 2021, 2020, 2019, 2018
• 他大学のセミナーでの発表

口頭発表賞・ポスター賞

2023受賞

1. 11月　第51回構造活性相関シンポジウム SAR Presentation Award（ポスター）鍋谷朋哉
   • 発表演題：スーパーコンピュータ富岳を用いたMDベースのハイスループットスクリーニング
   • 著者：鍋谷朋哉、浴本亨、山根努、池口満徳
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2. 11月　第51回構造活性相関シンポジウム SAR Presentation Award（口頭）吉澤竜哉
   • 発表演題：複数の特性予測モデルの信頼性を考慮した分子の多目的最適化
   • 著者：吉澤竜哉、石田祥一、佐藤朋広、大田雅照、本間光貴、寺山慧
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2022受賞

1. 11月　第50回構造活性相関シンポジウム SAR Presentation Award　吉澤竜哉
   • 発表演題：強化学習に基づく分子生成手法を用いたキナーゼ選択的阻害剤の設計
   • 著者：吉澤竜哉、石田祥一、佐藤朋広、大田雅照、本間光貴、寺山慧
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2. 11月　第50回構造活性相関シンポジウム SAR Presentation Award　星野小百合
   • 発表演題：短時間MDシミュレーションによるリガンド-タンパク質間結合親和性推定手法の検討
   • 著者：星野小百合、石田祥一、河東田道夫、隅田真人、奥野恭史、寺山慧
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3. 10月　情報計算化学生物学会(CBI学会) 2022年大会 Excellent Poster Awards 中川真由子
   • 発表演題：QM/MM simulations of artificial ion channel in membrane-water system
   • 著者：中川真由子、浴本亨、山根努、佐藤浩平、金原数、池口満徳
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4. 6月　第22回日本蛋白質科学会年会　若手奨励賞　石田祥一
   • 発表演題：Deep Learning Extracts Protein Dynamics Information from Cryo-EM map
   • 著者：松本篤幸、石田祥一、荒木望嗣、加藤貴之、寺山慧、奥野恭史
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2021受賞

1. 11月　第49回構造活性相関シンポジウム　SAR Poster Award　佐藤朋広
   • 発表演題:「転移学習を用いた活性予測モデルの新規化合物シリーズに対するモデル適用性の改善」
   • 著者：佐藤朋広、寺山慧、本間光貴
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2. 11月　第49回構造活性相関シンポジウム　SAR Poster Award　武富啓
   • 発表演題:「硬質コルチコイド受容体の活性型変異S810Lに対する水分子の効果」
   • 著者：武富啓、大田雅照、浴本亨、池口満徳
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3. 11月　第49回構造活性相関シンポジウム　SAR Poster Award　柴橋佑希
   • 発表演題:「維持メチル化因子UHRF1の阻害剤探索：MDを組み合わせたインシリコスクリーニング」
   • 著者：柴橋佑希、浴本亨、郡聡実、山根努、有田恭平、池口満徳
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4. 11月　第49回構造活性相関シンポジウム　SAR Poster Award　伊藤朱里
   • 発表演題:「中分子シクロスポリンAとシクロスポリンEの分子ダイナミクスの比較」
   • 著者：伊藤朱里、浴本亨、山根努、池口満徳
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5. 10月　情報計算科学生物（CBI）学会　ベストポスター賞　伊藤朱里
   • 発表演題:「Comparison of molecular dynamics of cyclosporin A and cycrosporin E」
   • 著者：伊藤朱里、浴本亨、山根努、池口満徳
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6. 10月　情報計算科学生物（CBI）学会　ポスター賞　柴橋佑希
   • 発表演題:「Inhibitor discovery targeting UHRF1 by MD simulations and biochemical analyses」
   • 著者：柴橋佑希、浴本亨、郡聡実、山根努、有田恭平、池口満徳
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7. 10月　情報計算科学生物（CBI）学会　ポスター賞　中居雪菜
   • 発表演題:「Activation Pathway of IL-2-inducible T-cell kinase Explored by Tree-Search Molecular Dynamics」
   • 著者：中居雪菜、浴本亨、山根努、小川直樹、寺山慧、池口満徳
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8. 6月 海洋理工学会春季大会 ベストプレゼンテーション賞 阪本真吾
   • 発表演題: 「高効率な海底マッピングシステム Speedy Sea Scanner－実用化に向けて－」
   • 著者: 阪本真吾，杉本裕介，水野勝紀，多部田茂，寺山慧，深見裕伸

2020受賞

1. 12月　第48回構造活性相関シンポジウム　SAR Poster Award 伊藤朱里
   • 発表演題:「中分子シクロスポリンAとシクロスポリンEの分子ダイナミクスの比較」
   • 著者：伊藤朱里、浴本亨、山根努、池口満徳
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2. 12月　第48回構造活性相関シンポジウム　SAR Poster Award 髙橋真帆
   • 発表演題:「ニューロトロフィン受容体TrkAd5と結合ペプチド間の相互作用様式の解明」
   • 著者：髙橋真帆、浴本亨、山根努、鈴木里佳、高橋栄夫、池口満徳
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2019受賞

1. 9月　第57回日本生物物理学会年会　学生発表賞　工藤崇文　（M2）
   • 発表演題：「拡張アンサンブル法によるビタミンD受容体のアゴニスト/アンタゴニスト活性調節機構の研究」
   • 著者：工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
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2. 10月　情報計算科学生物（CBI）学会　ベストポスター賞　大崎和　（M1）
   • 発表演題：「3D-RISM-AI: A machine learning approach to predict protein-ligand binding affinity using 3D-RISM」
   • 著者：大崎和、山根努、浴本亨、池口満徳
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3. 12月　第47回構造活性相関シンポジウム　SAR presentation award （ポスター）　工藤崇文　（M2）
   • 発表演題：「Regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of vitamin D receptor using generalized ensemble method」
   • 著者：工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
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口頭発表・ポスター発表

2023

• 複数の特性予測モデルの信頼性を考慮した分子の多目的最適化
  • 〇吉澤竜哉、石田祥一、佐藤朋広、大田雅照、本間光貴、寺山慧
  • 第51回構造活性相関シンポジウム、KO04、日本薬学会長井記念ホール、2023年11月20日-21日
• 分子動力学シミュレーションによるITK阻害剤の立体構造選択性の解析
  • 〇小川直樹、大田雅照、池口満徳
  • 第51回構造活性相関シンポジウム、KO07、日本薬学会長井記念ホール、2023年11月20日-21日
• スーパーコンピュータ富岳を用いたMDベースのハイスループットスクリーニング
  • 〇鍋谷朋哉、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第51回構造活性相関シンポジウム、KP13、日本薬学会長井記念ホール、2023年11月20日-21日
• 膜内切断プロテアーゼRsePの分子動力学シミュレーション
  • 〇田中健太、浴本亨、山根努、禾晃和、池口満徳
  • 第51回構造活性相関シンポジウム、KP14、日本薬学会長井記念ホール、2023年11月20日-21日
• Multiple ligands docking を用いた STING を標的とした新規ヒット化合物の探索
  • 〇戸板太陽、石田祥一、浴本亨、池口満徳、出水庸介、辻厳一郎、寺山慧
  • 第51回構造活性相関シンポジウム、KP15、日本薬学会長井記念ホール、2023年11月20日-21日
• 木探索分子動力学法 (TS-MD) によるヒドロキシカルボン酸受容体 (HCAR2) ― ナイアシン結合過程の探索
  • 〇中居雪菜、浴本亨、山根努、寺山慧、朴三用、池口満徳
  • 第51回構造活性相関シンポジウム、KP16、日本薬学会長井記念ホール、2023年11月20日-21日
• Evaluation of MD-based high-throughput screening methods using supercomputer Fugaku
  • 〇Tomoya Nabetani, Toru Ekimoto, Tsutomu Yamane, Mitsunori Ikeguchi
  • 第61回日本生物物理学会年会、1Pos213、名古屋国際会議場、2023年11月14日-16日
• 脂質二重膜における大腸菌 site-2 protease RseP の分子動力学シミュレーション （Molecular dynamics simulations of E. coli site-2 protease RseP in the lipid bilayer）
  • 〇Kenta Tanaka, Toru Ekimoto, Tsutomu Yamane, Terukazu Nogi, Mitsunori Ikeguchi
  • 第61回日本生物物理学会年会、2Pos185、名古屋国際会議場、2023年11月14日-16日
• Binding Pathway of Hydroxycarboxylic acid receptor 2 (HCAR2) ― Niacin Explored by Tree- Search Molecular Dynamics (TS-MD)
  • 〇Yukina Nakai, Toru Ekimoto, Tsutomu Yamane, Kei Terayama, Sam-Yong Park, Mitsunori Ikeguchi
  • 第61回日本生物物理学会年会、3Pos188、名古屋国際会議場、2023年11月14日-16日
• 高周波超音波と深層学習を組み合わせたアサリの個体数・分布把握法の確立に向けて
  • 〇門井辰夢、石田祥一、寺山慧、小野里祥吾、水野勝紀、多部田茂、鷲山裕史、上原陽平、齋藤禎ー、岡本一利、阪本真吾、杉本裕介
  • 海洋調査技術学会 第35回研究成果発表会、ポスター発表3、東京海洋大学越中島キャンパス、2023年11月7日-8日
• AI時代の分子シミュレーション (Molecular Simulation in the AI Era)
  • 〇池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2023年大会(CBI2023)、IL01-04、タワーホール船堀、2023年10月23-26日
• マルコフ状態遷移モデルを用いた上皮成長因子受容体キナーゼの活性化メカニズムの研究 (A study of activation mechanism of epidermal growth factor receptor kinase using Markov state model)
  • 〇井上雅郎
  • 情報計算科学生物学会2023年大会(CBI2023)、S01-01、タワーホール船堀、2023年10月23日-26日
• 複合現実空間で体験する化学反応ネットワークの対話操作 (Exploring Chemical Reaction Network Through Mixed-Reality Interaction)
  • 〇石田祥一
  • 情報計算科学生物学会2023年大会(CBI2023)、FS04-02、タワーホール船堀、2023年10月23日-26日
• Multi-objective Molecular Structure Generation Using Dynamic Applicability Domains Adaptation
  • 〇Tatsuya Yoshizawa, Shoich Ishida, Tomohiro Sato, Masateru Ohta, Teruki Honma, Kei Terayama
  • 情報計算科学生物学会2023年大会(CBI2023)、O03-03、タワーホール船堀、2023年10月23日-26日
• Evaluation of MD-based high-throughput screening methods using supercomputer Fugaku
  • 〇Tomoya Nabetani, Toru Ekimoto, Tsutomu Yamane, Mitsunori Ikeguchi
  • 情報計算科学生物学会2023年大会(CBI2023)、P01-06、タワーホール船堀、2023年10月23日-26日
• Binding Pathway of Hydroxycarboxylic acid receptor 2 (HCAR2) ― Niacin Explored by Tree-Search Molecular Dynamics (TS-MD)
  • 〇Yukina Nakai, Toru Ekimoto, Tsutomu Yamane, Kei Terayama, Sam-Yong Park, Mitsunori Ikeguchi
  • 情報計算科学生物学会2023年大会(CBI2023)、P01-07、タワーホール船堀、2023年10月23日-26日
• Type51R-body構成要素の構造予測
  • 〇大枝弘明、浴本亨、山根努、上野隆史、池口満徳
  • 第4回発動分子科学研究会、P-15、協働大町ビル、2023年9月20日-21日
• RNAとタンパク質を用いた液-液相分離実験に関するデータベース構築と予測モデル開発
  • 〇陳佳盈、石田祥一、寺山慧
  • 第23回蛋白質科学会年会、1P-048、名古屋、2023年7月5日-7日
• 分子動力学シミュレーションによるL型アミノ酸トランスポーターLAT1-CD98hcの構造変化過程の解析
  • 〇吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第23回蛋白質科学会年会、1P-051、名古屋、2023年7月5日-7日
• クライオ電子顕微鏡によるy⁺LAT1-CD98hcの構造解析
  • 〇中原準太朗、李勇燦、池口満徳、浴本亨、吉田夏海、西澤知宏
  • 第23回蛋白質科学会年会、2P-022、名古屋、2023年7月5日-7日
• 多目的ベイズ最適化を用いた非天然アミノ酸を考慮した抗菌ペプチド設計手法の検討
  • 〇村上優貴、石田祥一、出水庸介、寺山慧
  • 日本薬学会　第143年会、27E2-pm17S、札幌、2023年3月25日-28日

2022

• QM/MM simulations of cyclic artificial ion channel CFF in membrane- water system
  • 〇中川真由子 / Mayuko Nakagawa（C02-1 池口）
  • 新学術領域　発動分子科学　第11回領域会議、P49、沖縄県立博物館・美術館(おきみゅー)、2022年11月24日-26日
• Transport simulations of the human L-type amino acid transporter LAT1
  • 〇吉田夏海 / Natsumi Yoshida（C02-1 池口）
  • 新学術領域　発動分子科学　第11回領域会議、P51、沖縄県立博物館・美術館(おきみゅー)、2022年11月24日-26日
• 強化学習に基づく分子生成手法を用いたキナーゼ選択的阻害剤の設計
  • 〇吉澤竜哉、石田祥一、佐藤朋広、大田雅照、本間光貴、寺山慧
  • 第50回構造活性相関シンポジウム、KO-03、オンライン、2022年11月10日-11日
• 短時間MDシミュレーションによるリガンド-タンパク質間結合親和性推定手法の検討
  • 〇星野小百合、石田祥一、河東田道夫、隅田真人、奥野恭史、寺山慧
  • 第50回構造活性相関シンポジウム、KP-09、オンライン、2022年11月10日-11日
• 膜水系における人工イオンチャネルのQM/MMシミュレーション
  • 〇中川真由子、浴本亨、山根努、佐藤浩平、金原数、池口満徳
  • 第50回構造活性相関シンポジウム、KP-12、オンライン、2022年11月10日-11日
• アミノ酸トランスポーターLAT1の基質輸送シミュレーション
  • 〇吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第50回構造活性相関シンポジウム、KP-13、オンライン、2022年11月10日-11日
• 構造生物学データを活用しAIと連携した分子動力学シミュレーション研究
  • 〇池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2022年大会(CBI2022)、S-02、タワーホール船堀、2022年10月25-27日
• 分子動力学シミュレーションの創薬応用とFMO法への期待
  • 〇池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2022年大会(CBI2022)、SP-03、タワーホール船堀、2022年10月25-27日
• QM/MM simulations of artificial ion channel in membrane-water system
  • 〇M. Nakagawa, T.Ekimoto, T. Yamane, K. Sato, K. Kinbara, M. Ikeguchi
  • 情報計算科学生物学会2022年大会(CBI2022)、P01-05、タワーホール船堀、2022年10月25-27日（ポスター）
• Multi-objective Bayesian optimization for antimicrobial peptides design using non-natural amino acids
  • 〇Y. Murakami, S. Ishida, Y. Demizu, K. Terayama
  • 情報計算科学生物学会2022年大会(CBI2022)、P08-17、タワーホール船堀、2022年10月25-27日（ポスター）
• 大規模分子動力学シミュレーションを用いた上皮成長因子受容体キナーゼの活性化メカニズムの研究（A study of activation mechanism of epidermal growth factor receptor kinase using large-scale molecular dynamics simulations）
  • 〇井上雅郎、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第60回生物物理学会年会, 函館アリーナ, 2022年9月28-30日. (口頭)
• RESTシミュレーションによるタンパク質やペプチドリガンドの活性制御機構の解析（Applications of REST simulation to understanding regulation mechanism of protein activation and peptide ligands.）
  • 〇浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第60回生物物理学会年会, 函館アリーナ, 2022年9月28-30日. (口頭)
• 分子動力学シミュレーションによるタンパク質の構造ダイナミクス研究（Structural dynamics of proteins studied using molecular dynamics simulations.）
  • 〇池口満徳
  • 第60回生物物理学会年会, 函館アリーナ, 2022年9月28-30日. (口頭)
• 膜水系における環状人工イオンチャネルの QM/MM シミュレーション （QM/MM simulations of cyclic artificial ion channel in membrane-water system）
  • 〇M. Nakagawa, T. Ekimoto, T. Yamane, K. Sato, K. Kinbara, M. Ikeguchi
  • 第60回生物物理学会年会, 函館アリーナ, 2022年9月28-30日. (ポスター)
• ヒト L 型アミノ酸トランスポーター LAT1-CD98hc 複合体の基質輸送シミュレーション （Substrate transport simulations of human L-type amino acid transporter LAT1-CD98hc complex coupled with conformational changes）
  • 〇N. Yoahida, T. Ekimoto, T. Yamane, M. Ikeguchi
  • 第60回生物物理学会年会, 函館アリーナ, 2022年9月28-30日. (ポスター)
• 深層学習を用いたタンパク質ドメインの予測研究 （A deep-learning model for the prediction of protein domains）
  • 〇R. Sato, T. Ekimoto, T. Yoshidome
  • 第60回生物物理学会年会, 函館アリーナ, 2022年9月28-30日. (ポスター)
• 木探索分子動力学法による Interleukin-2-inducible T-cell kinase 活性化経路の探索 （Activation Pathway of Interleukin-2-inducible T-cell kinase Explored by Tree-Search Molecular Dynamics）
  • 〇Y. Nakai, T. Ekimoto, T. Yamane, N. Ogawa, M. Inoue, K. Terayama, M. Ikeguchi
  • 第60回生物物理学会年会, 函館アリーナ, 2022年9月28-30日. (ポスター)
• Development of machine learning models to predict liquid-liquid phase separation of biomolecules and its environmental factors
  • 〇K. Chin, S. Ishida, K. Terayama
  • 第60回生物物理学会年会, 3Pos083, 函館アリーナ, 2022年9月28-30日. (ポスター)
• Efficient Conformational Sampling with an Adaptive Coarse-Grained Elastic Network Model using Dynamic Cross-Correlation Coefficient
  • R. Kanada, K. Terayama, A. Tokuhisa, S. Matsumoto, Y. Okuno
  • 第60回生物物理学会年会, 3Pos019, 函館アリーナ, 2022年9月28-30日. (ポスター)
• 非天然アミノ酸を加味した低毒性抗菌ペプチド設計に向けた多目的ベイズ最適化の検討
  • 〇Y. Murakami, S. Ishida, Y. Demizu, K. Terayama
  • 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), P-72, 大阪, 2022年9月14日. (ポスター)
• 強化学習に基づく分子生成手法を用いた選択的阻害剤の設計
  • 〇T. Yoshizawa, S. Ishida, T. Sato, M. Ohta, T. Honma, K. Terayama
  • 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), P-74, 大阪, 2022年9月14日. (ポスター)
• A semi-automated tablet-based assessment tool for handwriting ability
  • H. Ishihara, H.Hagihara, N. Ienaga, D. Enomoto, H. Noda, K. Terayama, S. Takahata
  • 18th WFOT International Congress, 2022/8/28.
• 海水循環型ハタ類陸上養殖における環境代謝分析
  • 〇丸橋 愛美, 横山 大稀, 坂田 研二, 寺山 慧, 菊地 淳
  • 第11回JACI/GSCシンポジウム, E-44, 2022年6月15-16日. (ポスター)
• 計算蛋白質科学の現在と未来 (Present and Future of Computational Protein Science)
  • 〇池口満徳
  • 第22回日本蛋白質科学会年会、つくば国際会議場、2022年6月7日-9日
• 強化学習による分子シミュレーションの効率化と分子設計 (Acceleration of molecular simulation and molecular design enhanced by reinforcement learning)
  • 〇寺山 慧
  • 第22回日本蛋白質科学会年会、つくば国際会議場、2022年6月7日-9日
• 拡張アンサンブル手法を用いた中分子シクロスポリン A と E の動的構造探索 (Conformational search of cyclosporin A and E using enhanced sampling method)
  • 〇浴本亨、伊藤朱里、山根努、池口満徳
  • 第22回日本蛋白質科学会年会、つくば国際会議場、2022年6月7日-9日
• Deep Learning Extracts Protein Dynamics Information from Cryo-EM map
  • 松本篤幸、〇石田祥一、荒木望嗣、加藤貴之、寺山慧、奥野恭史
  • 第22回日本蛋白質科学会年会、つくば国際会議場、2022年6月7日-9日
• 全原子分子動力学シミュレーションによるヒトL型アミノ酸トランスポーター LAT1-CD98hc 複合体の基質輸送メカニズムの解析（Substrate transport mechanism of human LAT1-CD98hc complex studied by all-atom MD simulations）
  • 〇吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第22回日本蛋白質科学会年会、つくば国際会議場、2022年6月7日-9日
• 木探索分子動力学法による Interleukin-2-inducible T-cell kinase 活性化経路の探索（Activation Pathway of Interleukin-2-inducible T-cell kinase Explored by Tree-Search Molecular Dynamics）
  • 〇中居雪菜、浴本亨、山根努、小川直樹、井上雅郎、寺山慧、池口満徳
  • 第22回日本蛋白質科学会年会、つくば国際会議場、2022年6月7日-9日

2021

• Transport mechanism of human LAT1-CD98hc complex studied by all-atom MD
  • 〇吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第59回日本生物物理学会年会、オンライン、2021年11月25-27日
• 転移学習を用いた活性予測モデルの新規化合物シリーズに対するモデル適用性の改善
  • 〇佐藤朋広、寺山慧、本間光貴
  • 第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18日-19日
• 硬質コルチコイド受容体の活性型変異S810Lに対する水分子の効果
  • 〇武富啓、大田雅照、浴本亨、池口満徳
  • 第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18日-19日
• 維持メチル化因子UHRF1の阻害剤探索:MDを組み合わせたインシリコスクリーニング
  • 〇柴橋佑希、浴本亨、郡聡実、山根努、有田恭平、池口満徳
  • 第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18日-19日
• 中分子シクロスポリンAとシクロスポリンEの分子ダイナミクスの比較
  • 〇伊藤朱里、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18日-19日
• ニューロトロフィン受容体TrkAd5結合ペプチドのデザイン
  • 〇高橋真帆、浴本亨、山根努、鈴木里佳、高橋栄夫、池口満徳
  • 第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18日-19日
• 環状人工イオンチャネルの相互作用解析
  • 〇中川真由子・山根努・浴本亨・佐藤浩平(東京工業大)、金原数(東京工業大)・池口満徳
  • 第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18日-19日
• 全原子分子動力学シミュレーションを使ったヒトL型アミノ酸トランスポーター LAT1のコンフォメーション変化の解析
  • 〇吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18-19日
• TS-MDによるInterleukin-2-inducible T-cell kinase活性化機構の解明
  • 〇中居雪菜、浴本亨、山根努、小川直樹、寺山慧、池口満徳
  • 第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18-19日
• Dscoreに基づく多目的最適化によるChemTSを用いた選択性阻害剤の設計
  • 〇吉澤竜哉、石田祥一、佐藤朋広、寺山慧
  • 第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18-19日
• Interaction analysis of cyclic artificial ion channel AmFF
  • 〇中川真由子・山根努・浴本亨・佐藤浩平(東京工業大)、金原数(東京工業大)・池口満徳
  • 新学術領域　発動分子科学　領域会議、オンライン、2021年10月28日-29日
• Inhibitor discovery targeting UHRF1 by MD simulations and biochemical analyses
  • 〇柴橋佑希、浴本亨、郡聡実、山根努、有田恭平、池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2021年大会、オンライン、2021年10月26-28日
• Comparison of molecular dynamics of cyclosporin A and cycrosporin E
  • 〇伊藤朱里、山根努、浴本亨、池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2021年大会、オンライン、2021年10月26-28日
• Elucidation of interaction between neurotrophin receptor TrkAd5 and its binding peptide
  • 〇高橋真帆、浴本亨、鈴木里香、山根努、高橋栄夫、池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2021年大会、オンライン、2021年10月26-28日
• Interaction analysis of cyclic artificial ion channel AmFF
  • 〇中川真由子、山根努、浴本亨、佐藤浩平(東京工業大)、金原数(東京工業大)、池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2021年大会、オンライン、2021年10月26-28日
• Transport simulation of human LAT1-CD98hc complex
  • 〇吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2021年大会、オンライン、2021年10月26-28日
• Activation Pathway of IL-2-inducible T-cell kinase Explored by Tree-Search Molecular Dynamics
  • 〇中居雪菜、浴本亨、山根努、小川直樹、寺山慧、池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2021年大会、オンライン、2021年10月26-28日
• Predicting phase separation protein and its experimental condition using machine learning
  • 〇陳佳盈、石田祥一、佐藤朋広、寺山慧
  • 情報計算科学生物学会2021年大会、オンライン、2021年10月26-28日
• 人工イオンチャネル分子の相互作用解析
  • 〇中川真由子、山根努、浴本亨、佐藤浩平(東京工業大)、金原数(東京工業大)、池口満徳
  • 新学術領域　発動分子科学　領域会議、オンライン、2021年5月13日-14日, 6月10日
• 人工イオンチャネル2merの分子動力学シミュレーション
  • 〇中川真由子、長村隆大、浴本亨、山根努、村岡貴博、佐藤浩平(東京工業大)、金原数(東京工業大)、池口満徳
  • 新学術領域　発動分子科学　発動分子科学研究会（公開シンポジウム）、オンライン、2021年6月11日
• 人工イオンチャネルの全原子分子動力学シミュレーション
  • 〇中川真由子、浴本亨、山根努、村岡貴博(東京農工大)、佐藤浩平(東京工業大)、金原数(東京工業大)、池口満徳
  • 第21回日本蛋白質科学会年会、オンライン、2021年6月16-18日
• ヒト L型アミノ酸トランスポーター1と阻害剤JPH203の結合構造予測
  • 〇吉田夏海、浴本亨、山根努、鈴木登紀子(ジェイファーマ)、遠藤仁(ジェイファーマ)、池口満徳
  • 第21回日本蛋白質科学会年会、オンライン、2021年6月16-18日
• 人工イオンチャネルの全原子分子動力学シミュレーション
  • 〇中川真由子、浴本亨、山根努、村岡貴博(東京農工大)、佐藤浩平(東京工業大)、金原数(東京工業大)、池口満徳
  • 第10回日本生物物理学会関東支部会、オンライン、2021年3月2日-3日
• ヒト L型アミノ酸トランスポーター1と阻害剤JPH203の結合構造予測
  • 〇吉田夏海、浴本亨、山根努、鈴木登紀子(ジェイファーマ)、遠藤仁(ジェイファーマ)、池口満徳
  • 第10回日本生物物理学会関東支部会、オンライン、2021年3月2日-3日

2020

• In-silico analysis of artificial ion channels
  • 〇長村隆大、浴本亨、山根努、村岡高宏（東京農工大）、金原数（東京工業大学）、池口満徳
  • The 1st International Symposium on Molecular Engine、千葉大学、2020年1月8日 　
• Regulation mechanism of agonist/antagonist activities of vitamin D receptor elucidated by generalized ensemble method
  • 〇浴本亨、工藤崇文、山根努、池口満徳
  • 第20回日本蛋白質科学会年会、新型コロナウィルスのため要旨のみ、2020年6月
• Comparison of molecular dynamics of cyclosporin A and cycrosporin E
  • 〇伊藤朱里、山根努、浴本亨、池口満徳
  • 第20回日本蛋白質科学会年会、新型コロナウィルスのため要旨のみ、2020年6月
• Elucidation of interaction between neurotrophin receptor TrkAd5 and its binding peptide
  • 〇高橋真帆、浴本亨、鈴木里香、山根努、高橋栄夫、池口満徳
  • 第20回日本蛋白質科学会年会、新型コロナウィルスのため要旨のみ、2020年6月
• 3D-RISM-AI: Prediction of protein-ligand binding free energy based on machine learning using 3D-RISM
  • 〇大崎和、山根努、浴本亨、池口満徳
  • 第20回日本蛋白質科学会年会、新型コロナウィルスのため要旨のみ、2020年6月
• 人工アニオントランスポーターの分子動力学シミュレーション
  • 〇奥村真一、浴本亨、森未妃（東京工業大）、佐藤浩平（東京工業大）、山根努、金原数（東京工業大）、池口満徳
  • 新学術領域　発動分子科学　領域会議、オンライン、2020年11月27日-28日, 2021年1月7日-8日
• 人工イオンチャネル2merの分子動力学シミュレーション
  • 〇中川真由子、長村隆大、浴本亨、山根努、村岡貴博（東京農工大）、佐藤浩平（東京工業大）、金原数（東京工業大）、池口満徳
  • 新学術領域　発動分子科学　領域会議、オンライン、2020年11月27日-28日, 2021年1月7日-8日
• ニューロトロフィン受容体TrkAd5と機能阻害ペプチドの相互作用解析
  • 〇高橋真帆、浴本亨、鈴木里佳、山根努、高橋栄夫、池口満徳
  • 新学術領域　発動分子科学　領域会議、オンライン、2020年11月27日-28日, 2021年1月7日-8日
• 中分子シクロスポリンAとシクロスポリンEの分子ダイナミクスの比較
  • 〇伊藤朱里、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第48回構造活性相関シンポジウム、オンライン、 2020年12月10日-11日
  • 伊藤朱里さん、SAR presentation award (Poster)受賞
• ニューロトロフィン受容体TrkAd5と結合ペプチド間の相互作用様式の解明
  • 〇高橋真帆、浴本亨、山根努、鈴木里佳、高橋栄夫、池口満徳
  • 第48回構造活性相関シンポジウム、オンライン、 2020年12月10日-11日
  • 高橋真帆さん、SAR presentation award (Poster)受賞
• 機械学習を用いた3D-RISMベースの結合自由エネルギー予測
  • 〇大崎和、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第48回構造活性相関シンポジウム、オンライン、 2020年12月10日-11日
• シクロスポリンAのCHARMM力場の開発
  • 〇山根努、浴本亨、池口満徳
  • 第48回構造活性相関シンポジウム、オンライン、 2020年12月10日-11日

＜海外発表＞

• Combination method of coarse-grained molecular dynamics simulations and small-angle x-ray scattering data
  • 〇浴本亨、小甲裕一（三井情報）、苙口友隆（慶応大）、池口満徳
  • Biophysical society 64th Annual Meeting, サンディエゴ、2020年2月15日-19日
• Development of the CHARMM force field for cyclosporine A and application to molecular dynamics simulations using a membrane-water system
  • 〇山根努、高橋遼、伊藤朱里、浴本亨、池口満徳
  • Biophysical society 64th Annual Meeting, サンディエゴ、2020年2月15日-19日

2019

• 人工イオンチャネルの分子動力学シミュレーション
  • ○長村隆大、浴本亨、山根努、金原数（東京工業大）、池口満徳
  • 新学術領域　発動分子科学　領域会議、九州大学、2019年5月24日-25日
• Phosphodiesterase阻害薬のファミリー蛋白質選択性に関するin silico解析
  • 湯浅千紗、〇浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第18回日本蛋白質科学会年会、神戸国際会議場、2019年6月24日-26日
• シクロスポリンAのCHARMM力場開発と膜-水系の分子シミュレーションへの応用
  • 〇山根努、高橋遼、浴本亨、池口満徳
  • 第18回日本蛋白質科学会年会、神戸国際会議場、2019年6月24日-26日
• Ligand-bound forms of drug discovery target protein in solution studied by molecular dynamics simulations
  • 〇浴本亨、工藤崇文、山根努、池口満徳
  • 第57回日本生物物理学会年会、宮崎、 2019年9月24日-26日
• Regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of vitamin D receptor studied by generalized ensemble method
  • 〇工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第57回日本生物物理学会年会、宮崎、 2019年9月24日-26日
  • 工藤崇文さん、学生ポスター賞受賞
• All-atom molecular dynamics simulations of artificial ion channels
  • 〇長村隆大、浴本亨、山根努、村岡高宏（東京農工大）、金原数（東京工業大）、池口満徳
  • 第57回日本生物物理学会年会、宮崎、 2019年9月24日-26日
• Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A and application to molecular dynamics simulations using a membrane-water system
  • 〇山根努、浴本亨、池口満徳
  • 第57回日本生物物理学会年会、宮崎、 2019年9月24日-26日
• Selectivity of phosphodiesterase-10A inhibitor for phosphodiesterase family elucidated by free energy perturbation approach (ポスター＋口頭)
  • 〇浴本亨、湯浅千紗、山根努、池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2019年大会、タワーホール船堀、2019年10月22日-24日
• Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A and application to molecular dynamics simulations using a membrane-water system (ポスター＋口頭)
  • 〇山根努、高橋遼、伊藤朱里、浴本亨、池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2019年大会、タワーホール船堀、 2019年10月22日-24日
• Regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of vitamin D receptor analyzed by generalized ensemble method (ポスター＋口頭)
  • 〇工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2019年大会、タワーホール船堀、 2019年10月22日-24日
• Artificial ion channels studied by All-atom molecular dynamics simulations (ポスター)
  • 〇長村隆大、浴本亨、山根努、村岡高宏（東京農工大）、金原数（東京工業大）、池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2019年大会、タワーホール船堀、 2019年10月22日-24日
• 3D-RISM-AI: A machine learning approach to predict protein-ligand binding affinity using 3D-RISM (ポスター)
  • 〇大崎和、山根努、浴本亨、池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2019年大会、タワーホール船堀、 2019年10月22日-24日
  • 大崎和さん、Bestポスター賞受賞
• 異なる分子パラメータを持つ複数分子系のシミュレーションプロトコルの構築 (ポスター)
  • 佐藤美和(三井情報)、〇佐藤昂人(三井情報)、鈴木南美、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第33会分子シミュレーション討論会、名古屋市公会堂、 2019年12月9日-11日
• Dynamic structural biology of vitamin D receptor elucidated by MD simulations and experimental data (口頭)
  • 〇浴本亨、池口満徳
  • 第３回DSB研究成果報告会、横浜理研、 2019年11月13日-14日
• ホスホジエステラーゼファミリータンパク質における選択性のインシリコ研究
  • 〇浴本亨、湯浅千紗、山根努、池口満徳
  • 第47回構造活性相関シンポジウム、熊本、 2019年12月12日-13日
• 拡張アンサンブル法を用いたビタミンD受容体のアゴニスト/アンタゴニスト活性調節機構の研究
  • 〇工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第47回構造活性相関シンポジウム、熊本、 2019年12月12日-13日
  • 工藤崇文さん、SAR presentation award (Poster)受賞

2018

• 新規アルケミカル結合自由エネルギー計算手法ワープドライブ法の開発と有限サイズ効果
  • 〇浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第18回日本蛋白質科学会年会、朱鷺メッセ、 2018年6月26日-28日
• シクロスポリンAのCHARMM力場の開発
  • 〇山根努、渡邊裕太、浴本亨、池口満徳
  • 第18回日本蛋白質科学会年会、朱鷺メッセ、 2018年6月26日-28日
• ファーマコフォア解析によるビタミンD受容体アゴニスト/アンタゴニスト活性調節機構の研究
  • 〇工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第18回日本蛋白質科学会年会、朱鷺メッセ、 2018年6月26日-28日
• An effective alchemical perturbation method eliminating finite-size effect on binding free energies
  • 〇浴本亨、山根努、池口満徳
  • 第56回日本生物物理学会年会、岡山大学、 2018年9月15日-17日
• Regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of vitamin D receptor studied by pharmacophore analysis
  • 〇工藤崇文、浴本亨、池口満徳
  • 第56回日本生物物理学会年会、岡山大学、 2018年9月15日-17日
• Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A
  • 〇山根努、渡邊裕太、浴本亨、池口満徳
  • 第56回日本生物物理学会年会、岡山大学、 2018年9月15日-17日
• Protein-ligand binding process studied by Markov state model (ポスター＋口頭)
  • 〇浴本亨、荒木望嗣、井阪悠太、山根努、奥野恭史、池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2018年大会、タワーホール船堀、 2018年10月9日-11日
• Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A
  • 〇山根努、高橋遼、浴本亨、池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2018年大会、タワーホール船堀、 2018年10月9日-11日
• Study of regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of viramin D receptor ligand-binding domain
  • 〇工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2018年大会、タワーホール船堀、 2018年10月9日-11日
• In silico binding affinity analysis for phosphodiesterase-10A inhibitors
  • 情報計算科学生物学会2018年大会、タワーホール船堀、 2018年10月9日-11日
• In silico protein-protein interaction analysis of axon guidance molecule semaphorin and receptor plexin
  • 〇下地恵令奈、山根努、浴本亨、永友芽里、禾晃和、池口満徳
  • 情報計算科学生物学会2018年大会、タワーホール船堀、 2018年10月9日-11日
• ヒト疾患モデルと分子動力学によるGPCRのリガンド結合ーシグナル活性化の新たな連関機構の解明
  • 〇栗原由紀子（東大・院医・代謝生理科学）、浴本亨、北沢太郎、杉山諒、小谷理沙、内島恭信、池口満徳、栗原裕基
  • 第41回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜、 2018年11月28日-30日
• シグナル分子セマフォリンと受容体プレキシンの結合特異性に関する構造生物学的解析
  • 〇田中翼、永友芽里、根谷崎牧子、大井里香、下地恵令奈、山根努、浴本亨、池口満徳、禾晃和
  • 第41回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜、 2018年11月28日-30日
• 分子動力学シミュレーションを用いたビタミンD受容体リガンド結合ドメインの溶液構造解析
  • 〇浴本亨、工藤崇文、山根努、池口満徳
  • 第46回構造活性相関シンポジウム、大阪大学、 2018年12月5日-6日
  • 浴本亨、第46回構造活性相関シンポジウム SAR Presentation Award (Poster Presentation)受賞

＜海外発表＞

• FINITE-SIZE EFFECT ON THE CHARGING FREE ENERGY IN THE ALCHEMICAL PERTURBATION AND “WARP DRIVE” METHOD.
  • 〇浴本亨、山根努、池口満徳
  • Biophysical society 62th Annual Meeting, サンフランシスコ、2018年2月17日-21日

他大学のセミナーでの発表

• 創薬標的蛋白質の分子動力学シミュレーション
  • 〇浴本亨
  • 新潟大学物性理論研究室セミナー、新潟大学、 2018年6月25日